FFFTPでサーバー側ウィンドウが文字化けしたときには、そのサーバーに合った文字コードの設定が必要です。

その方法はメニューバーにある接続からホストの設定でホスト一覧から設定変更ボタンを押下し文字コードタブで適切な文字コードを選択します。