この現象はさくらインターネットに限ったことではないかもしれません。

現象は独自ドメインのディレクトリに複数のディレクトリを作成し、各ディレクトリにこびっとサイトを作成しました。

サーバーでのエンコードはコントロールパネルでphp.iniを編集しUTF-8でした。

こびっとはサイトが生成された段階でUTF-8とのことで問題ないと思っていましたが、文字化けしました。

こびっとにより生成されたページのメタデータを確認するとShift_Jisとなっているが、これをUTF-8でサーバーが表示しようとしたためだろうか。

そこで.htaccessによるエンコードを指定したファイルをこびっとのディレクトリに置いたが効果がなかった。

最後にShift_Jisを指定したphp.iniファイルをそのディレクトリに置くことで、なんとか解決した。

そもそも、独自ドメインのルートディレクトリにはwordpressがインストールされ、そこにこびっとのディレクトリを置いたのがよくないとも思ったが、同一独自ドメインで両方を運用したく、とりあえず対処しました。